エリア別
「長崎県内にフリースクールはどれくらいあるの？」
「住んでいる市に通える場所はある？」
「月謝や補助金、出席扱いはどうなるの？」
そんな不安を感じている保護者の方も少なくありません。
長崎県では、不登校支援やフリースクールの状況が市町村ごとに大きく異なります。
長崎市にはフリースクールや支援教室が4校と比較的集中していますが、離島地域や県北部の一部では1校のみの地域もあり、選択肢が限られている場合があります。
また、利用料への補助金制度については、現時点で長崎県および県内市町村においてフリースクール利用料を直接補助する制度は確認されていません。
このページでは、長崎県内で確認できているフリースクール26校の情報をもとに、
- 長崎県全体の不登校支援の特徴と市町村別の詳細ページへの案内
- フリースクールの数や地域ごとの傾向
- 相談窓口・出席扱いの実績について
- 費用の目安(月4千円〜3.5万円)、補助金・助成制度
などまで詳しくまとめています。
まずはこのページで長崎県全体の状況を把握し、お住まいの地域やお子さんの状況に合った居場所を探すための参考にしてください。
【ひかりすまいる編集部】
全国47都道府県・792市町村を対象に、フリースクールや不登校支援制度の情報を調査・掲載しています。
- 対応エリア： 全国47都道府県・792市町村
- 掲載データ： 全国3,526校以上（支援教室・オンライン含む）
- 専門項目： 補助金申請 / 出席扱い制度 / 行政相談 / オンライン学習
各自治体・施設の公式情報をもとに、編集部が内容を確認・整理したうえで掲載しています。
長崎県内における不登校の現状（2026年）
全国的に、不登校の児童生徒数は年々増加傾向にあります。
この傾向は特定の地域に限ったものではなく、長崎県においても少しずつ状況が変化しています。
ここでは、行政が公表しているデータをもとに、県内における不登校の推移を整理していきます。
長崎県の不登校人数の推移（2022年〜2024年度）
長崎県内でも、不登校児童生徒数は増加傾向が続いており、直近3年間で過去最多水準となっています。
政府統計の総合窓口（e-Stat）に掲載されている、文部科学省提供の最新調査データによると、長崎県内の小・中・高校における不登校児童生徒数は、令和6年度（2024年度）に3,230人に達しました。
対象：国公私立／年度：2022〜2024年度
（出典：政府統計の総合窓口（e-Stat）「児童生徒の問題行動・不登校等生徒指導上の諸課題に関する調査（政府統計コード00400304）」より作成（提供：文部科学省））
- 全体の推移： 2022年度から2024年度にかけて、不登校児童生徒数は2,640人から3,230人へと590人増加しており、3年間で約22%増加しています。
- 中学生の増加が顕著： 特に中学生の不登校が顕著で、2022年度の1,520人から2024年度には1,950人へと430人増加し、全体の増加の約73%を占めています。
- 中学生の不登校数が最も多い傾向： 各年度において中学生の不登校数が全体の約6割を占めており、小学生・高校生と比較して2倍以上の高い数値で推移しています。
長崎県における不登校児童生徒数は継続的に増加しており、特に中学生の不登校が深刻な状況にあります。
中学生期における支援体制の充実が重要な課題となっています。
【重要】長崎県の不登校支援サポート体制（13市）
不登校のお子さんやご家庭を支援するために、長崎県では行政が中心となっていくつかの取り組みを行っています。
ここでは代表的な公的支援についてご紹介します。
長崎県の不登校児支援 学びと居場所の選択肢
長崎県では、学校以外にも子どもたちが安心して過ごせる居場所や学びの場が複数用意されています。
県や市町村の教育委員会が設置する教育支援センターでは、学習のサポートや相談対応を中心に、子どもの状況に応じた支援が行われています。
各地域には市町村が運営する適応指導教室も設置されています。これらの公的施設は基本的に無料で利用できます。
一方、民間が運営するフリースクールは、学習だけでなく体験活動や交流を通じて子どもの成長を支える場として機能しています。
独自の教育方針や多様なプログラムが特徴で、お子さんの個性や興味に合わせた選択ができます。
お子さんの状況や希望に応じて、これらの選択肢から最適な場所を選ぶことができます。
長崎県における不登校・ひきこもり支援の取組
不登校やひきこもりの早期支援を重視した取組が整理されています。以下は、資料に基づき整理した支援内容です。
相談支援
・面接相談：開設時間が指定され、電話による事前予約が必要な場合があります
・電話相談：開設時間が指定されています
・メール相談：時間を気にせず相談可能ですが、返信に時間を要する場合があります
・評価・アセスメント：本人の生活状況、家族関係、生育歴、治療歴、ひきこもりに至る経緯を聴き取り、全体像を把握します
・機関・団体との連携：必要に応じて関係支援機関と連携します
訪問・外出支援
・訪問支援：自宅から外出が困難な方の自宅を訪問します
・外出同行：一人での外出が困難な場合、スタッフが同行して支援します
居場所・生活支援
・居場所提供：ゆったり過ごせる空間を提供し、プログラムがある場合もありますが、過ごし方は当事者の自主性に委ねられます
・共同生活：宿泊施設等で支援者が常駐する共同生活を支援します
当事者・家族向け組織
・本人の会／本人のつどい：同じ経験のある当事者同士で活動や交流を行います
・家族会／家族のつどい：家族が主体的に参加する語り合いの場や講演会・勉強会を実施します
就労支援
・職場体験：企業等での見学や体験を支援します
・職場訪問：勤務先や実習先を訪問して支援します
医療関連
・思春期外来・入院：おおむね18歳までが対象（医療機関により異なる）
・心理検査：知能や発達に関する検査に用いられます
・カウンセリング：医師や心理士等による面接相談
・家族の自費相談：保護者のみが受診し、本人への対応について相談する場合があります（自費診療）
相談窓口
長崎県による相談窓口は以下となります。
24時間子どもSOSダイヤル
いじめ・不登校などに関する相談を受け付けています。
24時間
電話：0120-0-78310(通話無料）
長崎県子ども・若者総合相談センター（ゆめおす）
不登校やひきこもりなどの問題を抱える若者やその家族からの相談を受け付け、必要に応じて公的機関や民間団体と連携して支援を行っています。
電話（相談受付）：095-824-6325
（出典：https://www.n-kodomo-wakamono.jp）
長崎県市ごとの不登校支援（13市）
なお、長崎県では県公式サイトにて、学校外の学びの場として「フリースクール等民間団体」の情報も案内されています。
ただし、県ページの掲載団体は一部に限られています。
本記事では、県公式情報も確認したうえで、各団体の公式サイトや所在地情報を1件ずつ調査し、長崎県内のフリースクール等を市ごとに整理しています。
※掲載しているフリースクール数は、通学型フリースクールに加え、教育支援センター（適応指導教室）、民間団体、NPO等の「学校以外の学び・居場所」を含めた数です。
自治体や運営形態によって呼称・位置づけが異なるため、本ページでは保護者の方が実際に利用を検討できる支援先を総合的に整理しています。
| 長崎県一覧 | 不登校支援 |
|---|---|
| 長崎市 | 補助金：なし フリースクール4校 出席扱い：あり >>長崎市不登校詳細はこちら |
| 佐世保市 | 補助金：なし フリースクール3校 出席扱い：あり >>佐世保市不登校詳細はこちら |
| 諫早市 | 補助金：なし フリースクール2校 出席扱い：あり >>諫早市不登校詳細はこちら |
| 大村市 | 補助金：なし フリースクール3校 出席扱い：あり >>大村市不登校詳細はこちら |
| 島原市 | 補助金：なし フリースクール2校 出席扱い：実績未確認 >>島原市不登校詳細はこちら |
| 雲仙市 | 補助金：なし フリースクール1校 出席扱い：実績未確認 >>雲仙市不登校詳細はこちら |
| 南島原市 | 補助金：なし フリースクール2校 出席扱い：実績未確認 >>南島原市不登校詳細はこちら |
| 平戸市 | 補助金：なし フリースクール1校 出席扱い：実績未確認 >>平戸市不登校詳細はこちら |
| 松浦市 | 補助金：なし フリースクール1校 出席扱い：実績未確認 >>松浦市不登校詳細はこちら |
| 五島市 | 補助金：なし フリースクール2校 出席扱い：実績未確認 >>五島市不登校詳細はこちら |
| 壱岐市 | 補助金：なし フリースクール1校 出席扱い：実績未確認 >>壱岐市不登校詳細はこちら |
| 対馬市 | 補助金：なし フリースクール2校 出席扱い：実績未確認 >>対馬市不登校詳細はこちら |
| 西海市 | 補助金：なし フリースクール2校 出席扱い：実績未確認 >>西海市不登校詳細はこちら |
※掲載情報は、長崎県・市町村・各団体の公式発信をもとに確認し、ひかりすまいる編集部にて整理・調査しています。
（最終確認：2026年1月時点）
【市町村別】長崎県のフリースクール全26校一覧
こちらでは長崎県内にあるフリースクールを市町村ごとにまとめています。
※校数は、通学型のフリースクールを基準に掲載しています。
長崎市（4校）
- フリースクール クレイン・ハーバー
- 子育て支援教室 mahana
- フリースクールアリビオ
- 長崎市学びの支援センター「ひかり」
佐世保市（3校）
- 教育支援教室 あすなろ教室
- フリースペースふきのとう
- フリースペース ゆくり
諫早市（2校）
- フリースクール クローバー
- 諫早市少年センター（適応指導教室「ふれあい学級」）
大村市（3校）
- スクート（schoot）
- 大村市教育支援センター「あおば教室」
- 大村市小中学生サポートルーム conne（コンネ）
島原市（2校）
- 島原市適応指導教室「ひまわり教室」
- フリースクール DANDAN（だんだん）
雲仙市（1校）
- うみの丘スクール
南島原市（2校）
- ピカピカがっこう
- フリースクール コッコ・ラボ
平戸市（1校）
- 平戸市教育支援教室「のぞみ」
松浦市（1校）
- ステップ
五島市（2校）
- まなび舎いゆ
- フリースペースつくしんぼ
壱岐市（1校）
- 壱岐ゼミナール
対馬市（2校）
- ブライターステップス
- 対馬市教育支援センター みちしるべ
西海市（2校）
- 西海市教育支援センター あおぞら学級・とまと学級
- 101カレッジ
長崎県内には26校のフリースクール・支援教室がある
長崎県内には、フリースクールや教育支援センターなど、不登校の子どもたちを支える学びの場が26校確認されています。
長崎市や佐世保市といった都市部を中心に一定数の支援拠点が整備されている一方、離島部や人口規模の小さい地域では選択肢が限られる傾向も見られます。
近年は、通学型の支援に加えて、オンライン学習やオンライン面談を取り入れるフリースクールも増えており、居住地に左右されにくい学び方も注目されています。
フリースクールの数は長崎市に集中している
市町村別に見ると、長崎市が4校で最多となっており、次いで佐世保市・大村市が各3校と続きます。
諫早市、島原市、南島原市、五島市、対馬市、西海市などにも複数の支援先があり、県内各地に点在していることが分かります。
一方で、雲仙市・平戸市・松浦市・壱岐市などは各1校にとどまっており、地域によって通える範囲や選択肢に差が生じているのが現状です。
特に離島地域では、移動の負担が大きく、通学型支援を利用しにくいケースも少なくありません。
地域差に左右されない学びを、オンラインで
長崎県のように離島や半島部を多く抱える地域では、オンラインによる不登校支援が重要な役割を果たします。
自宅から参加できるため、移動の負担がなく、天候や距離の影響も受けにくいのが大きなメリットです。
また、対面が不安な子どもでも、自分のペースで人とつながれる点は安心材料になります。
通学型フリースクールとオンライン支援を併用することで、地域差を補いながら、より多様な学びの選択肢を確保することが可能になります。
長崎県のフリースクール費用相場と助成金・補助金制度
こちらでは、長崎県内のフリースクールの費用相場と補助金などの制度についてまとめています。
長崎県内フリースクールの費用相場
長崎県内のフリースクールは、運営形態（民間・NPO・公立）によって費用が大きく異なります。
| 区分 | 授業料 （目安） |
|---|---|
| 民間・学校法人系 | 4,180円 〜 35,000円 |
| NPO・ボランティア団体 | 0円 〜 |
| 行政（適応指導教室など） | 無料 |
1. 民間企業・学校法人系（学習サポート重視）
月額の目安: 4,180円 〜 35,000円前後
月額4,180円から35,000円の範囲で確認されています。
通う日数やコース内容によって費用が変動します。
2. NPO・ボランティア団体系（居場所・交流重視）
0円 〜
地域支援や非営利団体によって運営され、比較的費用を抑えた形で提供されているケースが見られます。
3. 行政・公的機関（適応指導教室など）
月額の目安: 無料
長崎県内の自治体が運営する支援スペースです。
利用にあたっては、在籍校との連携や一定の条件が設けられている場合があります。
長崎県内の補助金一覧【2026年最新】
長崎県におけるフリースクールの利用料負担をサポートする助成金情報を一覧にまとめました。
現時点では、長崎県全体としてフリースクール利用料を一律に補助する制度はなく、多くの市町村では助成制度が設けられていないのが実情です。
フリースクールは学校に行きづらい子どもたちにとって大切な居場所ですが、月々の利用料がかかるため、保護者の経済的負担を軽減するための公的支援の整備が待たれる状況にあります。
| 市区町村名 | 補助金・助成制度の有無 |
|---|---|
| 長崎市 | なし |
| 佐世保市 | なし |
| 諫早市 | なし |
| 大村市 | なし |
| 島原市 | なし |
| 雲仙市 | なし |
| 南島原市 | なし |
| 平戸市 | なし |
| 松浦市 | なし |
| 五島市 | なし |
| 壱岐市 | なし |
| 対馬市 | なし |
| 西海市 | なし |
※補助金・助成制度は年度途中で新設・変更・終了する場合があります。最新情報は必ず各自治体の公式サイトまたは担当窓口でご確認ください。
今後の展開について
近年、全国的にはフリースクールへの公的支援を導入する自治体が増えつつあり、文部科学省も不登校児童生徒に対する多様な学びの場の確保を重視しています。
しかし、その動きには地域差があり、制度整備が追いついていないエリアも存在します。
長崎県内では、現時点でフリースクール利用に対する補助金・助成制度を実施している自治体は確認されておらず、経済的支援は各家庭の自己負担が中心となっています。
ただし、出席扱いなど学習面での制度的配慮が認められるケースもあり、支援が全くないわけではありません。
今後、他県や先行自治体の取り組み、不登校支援に対する社会的関心の高まりを受けて、制度導入を検討する自治体が出てくる可能性もあります。
現状では、学校や教育委員会と連携しながら、利用可能な支援策を一つずつ確認していくことが重要といえます。
長崎県における「出席扱い」の基準と手続き
「指導要録上の出欠の取扱いに関するガイドライン」では、学校・保護者・教育委員会が段階的に確認を行うことが示されており、最終的には校長が判断します。
いきなり決まるわけではなく、話し合いや見学などを重ねながら、ていねいに進めていく流れとなります。
- 保護者から学校へ申し出をする
- 学校・保護者・本人で話し合う
- 民間施設の見学や体験を行う
- 学校と教育委員会が協議する
- 校長が出席扱いを判断する
出席扱いになった場合は、出席日数の内数として日数や通っている施設名を記録します。
学習評価や指導要録の書き方は、平成31年3月29日付け30文科初第1845号の通知を踏まえるとされています。
この流れは「例」とされています。実際の進め方や必要な手続きは、学校や教育委員会との協議によって決まります。
（出典：https://www.pref.nagasaki.jp/shared/uploads/2024/08/1724978650.pdf）
出席扱いまでの流れ
実際の手続きは自治体や学校によって異なりますが、一般的には次のような流れで進むことが多いとされています。
- 担任の先生に相談・校内での検討
- 必要書類の提出・共有
- 校長による最終判断
※出席扱いの判断は一律ではなく「必ず認められる制度」ではありません。学校との丁寧な情報共有と、段階的な相談が重要になります。
出席扱いの実績は多くの市で確認されている
補助金制度は未整備ですが、フリースクールへの通学を学校の出席として認める「出席扱い」の実績は、長崎市、佐世保市、諫早市、大村市で確認されています。
これは文部科学省のガイドラインに基づくもので、保護者と学校が連携することで実現可能です。
出席扱いになることで、子どもの学習意欲の維持や進学時の配慮につながるため、経済的支援とは別の形での支援体制が一部で機能していると言えます。
長崎県内で出席扱い実績のあるフリースクール・家庭学習
長崎県内で出席扱い実績のあるフリースクール
トライ式中等部（長崎、佐世保）
子育て支援教室 mahana（長崎市）
教育支援教室 あすなろ教室（佐世保市）
諫早市少年センター（諫早市）
（※一部のみ記載しています）
出席扱い実績のあるオンラインフリースクール・教材
不登校のお子様向けに「完全1対1個別指導」キズキ共育塾
不登校専門オンライン個別指導「ティントル」
無学年式オンライン教材「すらら」
※掲載しているスクール以外でも、出席扱いとなる場合があります。
詳しくは各スクールへ直接お問い合わせください。
長崎県でお子さんに合った居場所を選ぶ3つのポイント
フリースクールや学びの場を選ぶとき、「どこを見て決めればいいの？」と迷われる保護者の方は少なくありません。
長崎県内には26校のフリースクールがありますが、それぞれに特徴があり、お子さんの状況や家庭の事情によって「合う・合わない」があります。
ここでは、長崎県で居場所を選ぶ際に特に重視したい3つのポイントをご紹介します。
①2〜3校を見学・体験してから決める
フリースクール選びで大切なのは、お子さん自身が「行きたい」と思える場所を見つけることです。
可能であれば2〜3校（オンラインも含む）を見学・体験し、実際の雰囲気や相性を比べてみましょう。
いくつかの選択肢を知ったうえで親子で納得して決めることが、安心して続けるための土台になります。
なぜ複数校の体験が必要なのか？
1校だけでは比較ができない
- 「ここしかない」と思い込んでしまいがち
- 他の選択肢を知らないまま決めてしまうリスク
お子さんの「本当に合う場所」が見えてくる
- A校では緊張していたけど、B校ではリラックスできた
- C校のプログラムの方が自分の興味に合っていた
- スタッフとの相性は実際に会わないとわからない
親子で納得して選べる
- 「ちゃんと比較して選んだ」という安心感
- 通い始めてから「やっぱり違った」を防げる
ひかりすまいるアドバイザー相性のいい先生と出会える可能性が上がります。
②通学距離とオンライン対応の有無
長崎県は山が多く、離島も多い地形が特徴です。
地域によっては移動に時間がかかり、台風や豪雨の影響を受けやすい場合もあります。
確認すべきこと
自宅からの距離と所要時間
車移動の時間や公共交通機関の本数、離島の場合は航路の状況も確認しましょう。
坂道が多い地域では、自転車通学の可否や送迎の現実性も具体的に検討することが大切です。
通学頻度の柔軟性
週1〜2日から利用できるか、天候不良時の対応を確認します。
オンライン対応の有無
離島や遠隔地にお住まいの場合、オンライン併用の可否は特に重要なポイントです。
完全オンライン型も含めて検討することで、居住地に関わらず支援を受けやすくなります。
③費用と補助金の利用可否
フリースクールの月謝は施設によって大きく異なり、月額0円〜35,000円前後と幅があります。
継続して通うためには、無理のない費用設定であることが不可欠です。
確認すべきこと
月謝の内訳
入学金、月謝、教材費、施設利用費、イベント参加費など、何にいくらかかるのかを明確にしましょう。
無料または低額の選択肢
長崎県内には、市町村が運営する教育支援センター（適応指導教室）があり、これらは基本的に無料で利用できます。
- 長崎市学びの支援センター「ひかり」
- 佐世保市 教育支援教室「あすなろ教室」
- 大村市教育支援センター「あおば教室」
- 島原市適応指導教室「ひまわり教室」
- 対馬市教育支援センター「みちしるべ」
- 西海市教育支援センター「あおぞら学級・とまと学級」
- 各市町の適応指導教室
など
補助金・助成制度の有無
現在、長崎県全体としてフリースクール利用料をに補助する制度はありません。
今後制度が新設・変更される可能性もあるため、最新情報についてはお住まいの自治体や教育委員会へ問い合わせてみることをおすすめします。
ひかりすまいるアドバイザーお子さんが安心して過ごせる環境かどうか、スタッフとの相性、プログラムの内容などを総合的に見て判断することが大切です。
長崎県の不登校・フリースクールに関する疑問を解決
こちらでは、長崎県にお住まいでフリースクールや不登校支援を検討されている方のよくある質問をまとめています。
まとめ｜長崎県の不登校支援、まずは地域の情報を知ることから
最後にこの記事を振り返りましょう。
こちらの記事では、
- 長崎県全体の不登校支援の特徴と市町村別の詳細ページへの案内
- フリースクールの数や地域ごとの傾向
- 相談窓口・出席扱いの実績について
- 費用の目安、補助金・助成制度
について詳しくご紹介しました。
長崎県には、教育支援センターやフリースクールなど、学校以外にも子どもを支える選択肢があります。
地域によって支援の形や使える制度が異なるため、まずはお住まいの地域の詳細ページを確認してみてください。
気になる支援先や相談窓口があれば、無理のない範囲で問い合わせてみることが、お子さんに合った環境を見つける第一歩になります。
お問い合わせ
